La Junta Directiva es el órgano de gobierno, gestión y representación de la Asociación. Está integrada, siempre que sea posible, por los siguientes vocales, todos ellos con voz y voto:

• Sector público: 9 representantes de todos los Ayuntamientos asociados.
• Sector productivo: 5 representantes del sector productivo.
• Colectivos sociales: 5 de los colectivos sociales.

La Junta Directiva elige de entre sus miembros un Presidente, un Secretario y un Tesorero.